سازمان مجاهدین خلق بسیار بدنام و بدسابقه است. این بدنامی از نخستین سال‌های پیروزی انقلاب اسلامی که ابتدا علیه نظام اسلحه به دست گرفتند و بعد اقدام به ترور و تخریب علیه شهروندان مظلوم و سران نظام کردند، آغاز شد، تا قرارگرفتن در کنار دشمن نظام و خاک و میهن.
این البته بخش برجسته بدنامی و سابقه آن‌هاست. آلودگی‌های اخلاقی درون‌گروهی و پایمال‌کردن اخلاق و انسانیت و احساس به‌نفع تشکیلات سازمانی و به اسارت گرفتن و قربانی‌کردن هواداران خامی که با نیت و اهداف پاک فریب خوردند و به این گروه پیوستند، و راهی برای بازگشت‌شان نبود، ‌بخش تقریباً مغفول سیاه‌کاری‌ها و بدنامی‌های این گروه است.
این سوابق نام این گروه را به تابلوی برجسته بدنامی  دستِ کم در سطح ایران تبدیل کرده است. جدای از آن‌که این گروه در چشم شهروندان ایرانی، منفور و بدنام هستند، تا سال‌ها نام این سازمان در لیست گروه‌های تروریستی کشورهای غربی و آمریکا ثبت شده و از منظر کشورهای غربی هم شایسته توجه و آزادی‌های متعارف گروه‌های سیاسی نبودند؛ اگرچه به‌تازگی و پس از سال‌ها تلاش موفق شده‌اند نام خود از این لیست‌ها حذف کنند.
همین تنفر و بدنامی و تصویر و تصور مخوفی که از تشکیلات درونی این گروه در دنیا وجود دارد، باعث شده‌است، تا در طول ۴ دهه گذشته این گروه فقط ریزش نیرو داشته باشد و به استثنا مواردی انگشت‌شمار که هواداری‌شان نه از حب معاویه که از بغض علی بوده‌ است و حکم انتحار فرد را معنا می‌کرده، کسی جذب این گروه نشده است.
این بدنامی‌ متأسفانه در ایران و در بین سیاسیون کارکردی دوگانه و بسیار مخرب داشته است. یعنی هرگاه خواسته‌اند فرد یا جناحی را تخریب کنند، ربط‌دادن او به این سازمان، از طریق یافتن کاهی از ارتباط یا ربط این فرد یا جناح با آن سازمان و برساختن کوهی از آن کاه و در ادامه وصل و انتساب آن به این گروه، دم‌دست‌ترین ترفندی بوده است که هر گروه و هر فرد برای بدنام‌کردن رقیب خود بدان دست یازیده است.
در مواردی حتی در جدال‌های خانوادگی منجر به طلاق، احدی از طرفین، مطلقه خود را به‌نوعی به این سازمان منتسب و تلاش کرده ماهی تطهیر خود را از گل‌آلودی این آب بگیرد.
این اتهام‌افکنی‌ها، اگرچه لطمه‌ی ناچیزی به اعتبار و شخصیت طرف وارد می‌کرد، در مقابل اما سازمان مجاهدین برای تطهیر خود از آن بهره‌برداری و استقبال می‌کرد.
سوگوارانه موضوعی که در ادبیات سیاسی ایران از آن به اعدام‌های ۶۱ و ۶۷ یاد می‌شود، همیشه دست‌مایه‌ی افسانه‌سرایی‌های عاری از واقعیت و مبتنی بر احساس و مصادره به مطلوب کردن آن از دو سو بوده است.
مسلم است وقتی موضع‌گیری  شفافی در مورد این بخش از تاریخ سیاسی و اجتماعی کشور، تاکنون صورت نگرفته، و اظهارنظرهای پراکنده هم گا‌ه به تناقض منجر می‌شود، این موضوع ظرفیت تحریف و افسانه‌سرایی هم پیدا می‌کند و دوباره تا اتفاقی می‌افتد، داستان‌ آغاز و از هر طرف عده‌ای تلاش می‌کنند از احساسات مردم به نفع خود یارگیری و داستان خود را بدین‌وسیله باورپذیر‌تر کنند. این‌ها گره حقیقت را کورتر می‌کند و مانع از رمزگشایی از حقیقتی می‌شود که قطعاً نفع همه در آن است.
بااین‌همه و بدون تردید، اوج رذالت و پلیدی و تنفر و بدنامی این سازمان ابداً  این اجازه را نمی‌دهد که قانون در مورد آن‌ها دقیق و درست و شرعی و انسانی اجرا نشود. و از سمت دیگر اگر در فرایند صدور احکام قضایی علیه زندانیان هوادار سازمان مجاهدین خلق در زندان‌های جمهوری اسلامی ایران در سال‌های ۶۱ و ۶۷، قصور و خطایی صورت پذیرفته، این قصور و کوتاهی ابداً نشانه و دلیلی بر بی‌گناهی و پاکی سازمان مجاهدین خلق نیست و این سازمان نمی‌تواند از نمد سخنان مرحوم منتظری و امثال آن، برای خود کلاه پاکی و بی‌گناهی بدوزد.